科目三自主变道涉及是否会扣分，需要根据具体情况分析。以下是详细分析：

在正常驾驶过程中，考生需要自主完成多次变道。只要考生在变道前观察了周围交通情况，确保安全，并且打了转向灯，等待转向灯亮起后再开始变道，这样的操作是不会扣分的。但是请注意，在正常驾驶过程中未打转向灯进行变道会被扣分。此外，在正常驾驶过程中应做到不频繁变道，以防因过于频繁的操作而导致扣分或被视为不稳重驾驶。

至于考试过程中的超车或特殊路段行驶，考生需要根据考试指令进行变道操作。在这些情况下，考生必须严格遵守考试规则和操作要求，如果不按照指令进行变道操作，会被判定为考试失败并扣分。因此，在这些情况下按照指令完成正确的变道操作是不会被扣分的。但如果在变道过程中出现危险情况，比如未及时观察道路状况或者判断失误导致扣分甚至发生碰撞等事故，也会涉及到扣分问题。具体扣分标准根据不同地区以及实际扣分情况有所差异。

总之，科目三自主变道是否扣分与考生的操作和实际情况有关。因此考生在驾驶过程中应注意观察周围交通状况，确保安全驾驶，遵守交通规则和考试规则，避免不必要的扣分情况发生。如有疑问或不确定的地方，建议咨询专业教练或考试机构工作人员的建议和指导。