分期付款手续费的计算方式因商家或金融机构的不同而有所差异。一般而言，有以下几种计算方式：

1. 按分期金额加固定比例手续费的方式计算。例如，购买5000元的商品，分三期付款，每期手续费为分期金额的固定比例。这种方式下，每期需要支付的金额包括了本金及一定手续费，手续费的计算基础是商品的销售价格。

2. 使用信用卡分期付款，无需支付额外的手续费。只需向银行支付一定的分期利息，根据分期时间计算利息总额。一些银行还会根据商家的不同优惠程度提供分期付款零利息的活动。这种方式的计算相对简单明了。

具体的分期付款手续费计算方式需要根据购买商品或服务的具体情况来确定。建议在进行分期付款前，向商家或金融机构详细咨询了解手续费的计算方式和费率。