分子种类是由原子的种类及其排列方式决定的。在化学中，分子是两个或多个原子通过共价键结合而成的稳定结构，而不同类型的分子具有不同的性质和功能。因此，了解分子种类的决定因素对于研究物质的组成、性质以及反应机理至关重要。

首先，原子的种类决定了分子的基本构成单元。每种元素都有其独特的原子核结构，包括质子数（即原子序数）和中子数。例如，氢原子只有一个质子，氧原子则有8个质子。当这些不同类型的原子以特定的方式结合时，就形成了不同的分子。例如，由一个氧原子和两个氢原子组成的H₂O分子就是水，而由一个碳原子和四个氢原子组成的CH₄则是甲烷。

其次，原子之间的排列方式也影响着分子的种类。即使是由相同种类的原子构成，如果它们的排列顺序或空间构型不同，则可能形成完全不同的分子。比如，葡萄糖（C₆H₁₂O₆）和果糖虽然都含有相同的原子数量，但由于它们的空间结构差异，导致了两者化学性质的不同。此外，立体异构现象也是由于原子间连接方式的变化所引起的，这进一步丰富了分子种类的多样性。

总之，分子种类不仅依赖于组成它的原子类型，还受到原子间相互作用及排列规律的影响。通过对分子结构的研究，科学家们能够更好地理解自然界中的各种现象，并开发出新型材料和技术应用。