《星际争霸2》的剧情围绕着三个主要种族——人族（Terran）、神族（Protoss）和虫族（Zerg）之间的冲突与合作展开。故事背景设定在遥远的未来，人类已经掌握了太空旅行技术，并在外星殖民地建立了多个独立的政权。然而，随着资源争夺日益激烈，这三个智慧种族之间的矛盾也逐渐升级。

在第一部《自由之翼》中，玩家扮演吉姆·雷诺指挥官，他领导着由前游骑兵成员组成的反抗组织“反抗军”，试图推翻腐败的克哈政府。与此同时，泽拉图这位神族暗影武士一直在寻找古老的神器——探针，以阻止黑暗圣堂武士阿塔尼斯堕落成为萨尔纳加预言中的毁灭者。而虫族女王凯瑞甘则通过与雷诺的合作重新夺回了她的力量，并最终击败了主宰，成为新一代的虫族领袖。

到了《虫群之心》，凯瑞甘成为了故事的核心人物。她不仅要面对来自人族和神族的双重威胁，还要处理内部对于她统治地位的不满情绪。最终，在经历了一系列艰难抉择后，凯瑞甘成功巩固了自己的领导权，并准备迎接即将到来的大战。

最后，《虚空之遗》讲述了神族的故事线，聚焦于阿塔尼斯如何团结分裂的神族各派系共同对抗异虫入侵。在这过程中，他不仅找回了失落已久的家园艾尔星球，还揭示了更多关于萨尔纳加起源的秘密。整个三部曲不仅展现了每个种族独特的文化特色，同时也探讨了权力、牺牲以及希望等深刻主题。