支付宝转账5万元手续费可分三种情况来收取：

1.支付宝转账到支付宝：

通过支付宝账户向他人支付宝账户转账时，不收取任何手续费。

2.有基础免费额度：

每个支付宝账户都有2万元的基础免费额度，如果之前未使用支付宝转账或提现，这样只对其中的3万元收取手续费，那么转账手续费就是30000*0.1%=30元。

3.无基础免费额度：

当免费额度用完后，转账5万元时，一般会全额收取手续费，这样转账手续费为：50000*0.1%=50元。